Els primers fungicides eren compostos inorgànics, entre els quals encara s'utilitzen preparats de sofre en pols i coure (vegeu la mescla de Bordeus). El 1914, I. Reem d'Alemanya va utilitzar per primera vegada compostos orgànics de mercuri per controlar el carbó del blat, cosa que va marcar l'inici del desenvolupament de fungicides orgànics.
El 1934, WH Tisdale i altres als Estats Units van descobrir les propietats bactericides del ditiocarbamat de dimetil. Des de llavors, els fungicides orgànics han començat a desenvolupar-se ràpidament. Hi ha tres sèries principals de fungicides orgànics de sofre desenvolupats als anys 40 i 50: els tirams, els disons (com les disons de zinc) i les triclorometiltiodimetilcarboximides. A més, també s'han desenvolupat fungicides orgànics amb clor, mercuri orgànic i arsènic orgànic. La majoria d'aquests fungicides són agents protectors i tenen limitacions d'aplicació.
Des de la dècada de 1960, han sorgit més tipus químics de fungicides, i el progrés més important és l'arribada dels fungicides sistèmics.
El 1965, el Japó va desenvolupar el fungicida organofosforat Daobenjing. El 1966, els Estats Units van desenvolupar wisterin. El 1967, els Estats Units van desenvolupar el benomil. El 1969, el Japó va desenvolupar tiofanat. El triciclazol es va desenvolupar als Estats Units el 1977, el metalaxyl es va desenvolupar a Suïssa i el trietilfosfat d'alumini es va desenvolupar a França el 1978. Els agents sistèmics representats pels anteriors s'han convertit en el corrent principal del desenvolupament de fungicides des dels anys setanta. Al mateix temps, els antibiòtics agrícoles s'han desenvolupat ràpidament. El mercuri orgànic, l'arsènic orgànic i alguns fungicides orgànics amb clor s'estan eliminant gradualment a causa de la toxicitat o la contaminació ambiental. La nova generació d'agents sistèmics ha ampliat encara més el mercat dels fungicides a causa dels seus efectes de control millorats. A la dècada de 1980, hi havia més de 200 varietats de fungicides. Segons l'enquesta, l'any 1985, les vendes de fungicides al món van assolir els 2.540 milions de dòlars dels EUA, la qual cosa representa el 18,4 per cent de les vendes totals de pesticides.
El 1984, les vendes d'agents sistèmics en fungicides van representar el 44,2% i els no sistèmics el 55,8%. Durant gairebé mig segle, el desenvolupament de fungicides s'ha centrat principalment en els agents de prevenció i tractament de malalties fúngiques, mentre que la recerca i desenvolupament d'agents per a la prevenció i el tractament de malalties causades per bacteris i virus encara és insuficient. Des de la dècada de 1950, la Xina ha desenvolupat principalment fungicides protectors. Des dels anys 70, ha començat a desenvolupar fungicides sistèmics i antibiòtics agrícoles, i ha deixat d'utilitzar agents orgànics de mercuri. Com que la tecnologia d'aplicació dels fungicides és relativament complicada, la velocitat de desenvolupament no és tan ràpida com la dels insecticides. Tanmateix, l'efecte protector dels fungicides sobre la producció agrícola ha estat cada cop més reconegut pels agricultors. Amb la modernització de l'agricultura de la Xina, el desenvolupament de fungicides s'accelerarà inevitablement.