Els fungicides es classifiquen segons la manera en què s'utilitzen

1. Agent protector
Abans que els microorganismes patògens contactin amb la planta o submergin la planta, la planta o l'entorn circumdant es tracta amb un medicament per inhibir la germinació de les espores patògenes o matar les espores patògenes germinades per protegir la planta dels danys. Aquest efecte s'anomena efecte de protecció. Els agents amb aquest efecte són agents protectors. Com la barreja de Bordeus, zinc zinc, sulfat de coure, coure de llet verda, mancozeb, clorotalonil, etc.
2. Agents terapèutics
Els microorganismes patògens de l'agent terapèutic s'han infiltrat a la planta, però la planta presenta símptomes i es troba en període d'incubació. El fàrmac penetra al teixit vegetal des de l'epidermis de la planta i mata o inhibeix el patogen mitjançant la transducció, la difusió o la producció de metabòlits, de manera que la planta malalta ja no patirà i restablirà la salut. Els agents que tenen aquest efecte terapèutic s'anomenen agents terapèutics o quimioterapèutics. Com ara tiofanat-metil, carbendazim, kasugamicina, etc.
3. Agent erradicador
Els eradicadors es refereixen a patògens que poden matar directament els patògens que han envaït les plantes quan s'apliquen després que les plantes s'infectin. Els agents amb aquest efecte eradicador són agents eradicadors. Com ara tiram, pentaclorofenat de sodi, sofre de calç, etc.